Pekerti lahir sebagai sebuah organisasi non–politik dan non–sektarian yang mandiri, dalam menanggapi kekhawatiran bahwa pembangunan industri di Indonesia pada 1970-an yang gagal membangun penduduk pedesaan di negara itu. Industrialisasi sektor pertanian Indonesia telah mengakibatkan urbanisasi yang cepat dan peluang kerja yang terbatas bagi petani. Perkembangan industri modern telah membuat banyak petani tidak memiliki ketrampilan pindah ke kota untuk mencari peluang finansial yang lebih besar. Produsen skala kecil tidak bisa lagi bersaing dengan perusahaan besar, yang menggunakan iklan untuk mendominasi pasar. Akibatnya, banyak usaha kecil dan petani Indonesia yang dipaksa menjadi bangkrut dan banyak produsen pedesaan bergabung dengan pekerja pabrik yang tumbuh secara besar besaran.

Sebuah gerakan akar rumput dengan kembali ke dasar yang ideal mulai dikembangkan. Ini dimulai dengan sebuah ide untuk mendirikan sebuah yayasan yang peduli dengan pengembangan masyarakat. Yayasan ini akan difokuskan pada mendirikan kembali kesadaran dan kebanggaan masyarakat terhadap sumber daya alam dan warisan budaya, dan menciptakan kekuatan dan inspirasi, yang akan menumbuhkan perdagangan. Setelah banyak pemikiran dan perdebatan, pada tanggal 11 Agustus 1975, lima organisasi non-pemerintah yang peduli dengan pengembangan masyarakat, dan dengan ikatan silang agama, membentuk Yayasan Pekerti.

Hari ini Pekerti memiliki pemahaman tentang pembangunan berkelanjutan yang didukung oleh pengalaman selama 40 tahun bekerja sama dengan masyarakat Indonesia untuk berbagi keterampilan, mendorong swadaya dan inovasi, dan meningkatkan kapasitas.